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Erschienen in:
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2007 | OriginalPaper | Buchkapitel

A Chaining Algorithm for Mapping cDNA Sequences to Multiple Genomic Sequences

verfasst von : Mohamed Abouelhoda

Erschienen in: String Processing and Information Retrieval

Verlag: Springer Berlin Heidelberg

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Given a set of matches between a cDNA sequence and

multiple

genomic sequences, we present a subquadratic chaining algorithm for computing an optimal chain of colinear matches, while allowing overlaps between the matches. Our algorithm improves upon the quadratic graph based solution, and extends the previous algorithms which are limited to matches between a cDNA sequence and a

single

genomic sequence. The matches of the resulting chain serve as anchors for computing a multiple alignment between the cDNA and the given sequences.

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Metadaten
Titel
A Chaining Algorithm for Mapping cDNA Sequences to Multiple Genomic Sequences
verfasst von
Mohamed Abouelhoda
Copyright-Jahr
2007
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
Buch
String Processing and Information Retrieval

Print ISBN: 978-3-540-75529-6

Electronic ISBN: 978-3-540-75530-2

Copyright-Jahr: 2007

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-540-75530-2_1

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