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2023 | OriginalPaper | Buchkapitel

Intentional Semantics for Molecular Biology

verfasst von : Edward H. Haeusler, Bruno Cuconato, Luiz A. Glatzl, Maria L. Guateque, Diogo M. Vieira, Elvismary M. de Armas, Fernanda Baião, Marcos Catanho, Antonio B. de Miranda, Sergio Lifschitz

Erschienen in: Advances in Bioinformatics and Computational Biology

Verlag: Springer Nature Switzerland

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Abstract

This article presents an intentional semantics, using Object Petri Nets (OPNs), to assign activity to each biological molecule and complex, such as mRNA, tRNA, ribosomes, and protein synthesis. The work differs from traditional uses of Petri Nets in Biology and Chemistry for being a bottom-up and general semantics and not only a formalization of some molecular biological phenomenon. Assigning activities to every molecule and the difference between biological function and activity is also a conceptual contribution of this work. To illustrate our semantics, we set to tRNA, mRNA, ribosome, and the protein transcription molecular complex the respective activities expressed by OPNs.

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Fußnoten
1
The time is not explicitly used in this paper. It appears here due to the completeness of the intended model.
 
2
We must not confuse model of computation with computational model; the latter is a mathematical model of something that can be simulated or performed in a computer.
 
3
The alphabet in question is \(\{s,z,P,\circ ,Rec_{p},\langle , \rangle , \mu ,\ldots \}\) with 20 letters.
 
4
A true concurrency model can be taken as a framework to describe systems that allow many independent processes or threads to run simultaneously without interfering with each other model.
 
5
If \(\pi \) is an OPN, then \(pl(\pi )\) is the number of output and input places in \(\pi \), \([\pi ]\) is the equivalence class of \(\pi \) under isomorphism on OPNs and P is the natural projection.
 
Literatur
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Metadaten
Titel
Intentional Semantics for Molecular Biology
verfasst von
Edward H. Haeusler
Bruno Cuconato
Luiz A. Glatzl
Maria L. Guateque
Diogo M. Vieira
Elvismary M. de Armas
Fernanda Baião
Marcos Catanho
Antonio B. de Miranda
Sergio Lifschitz
Copyright-Jahr
2023
Buch
Advances in Bioinformatics and Computational Biology

Print ISBN: 978-3-031-42714-5

Electronic ISBN: 978-3-031-42715-2

Copyright-Jahr: 2023

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-031-42715-2_9

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