Skip to main content
Fachgebiete
Automobil + Motoren Bauwesen + Immobilien Business IT + Informatik Elektrotechnik + Elektronik Energie + Nachhaltigkeit Finance + Banking Management + Führung Marketing + Vertrieb Maschinenbau + Werkstoffe Versicherung + Risiko
DE
EN
Bücher
Zeitschriften
Themenseiten
Organisationspsychologie Projektmanagement Marketing Smart Manufacturing
Weitere Formate
Podcasts Webinare Technik Webinare Wirtschaft Kongresse Veranstaltungskalender Awards
Jetzt Einzelzugang starten
Zugang für Unternehmen
Referenzkunden
SLX-Digitalkonferenz: Zukunftswerkstatt 2024

Mehr Umsatz mit Top-Kontakten

Am 7. Mai erfahren Sie, wie Vertriebsteams Leadgenerierung, Leadnurturing und Leadstrategien effizient steuern können.
Erweiterte Suche
Anmelden
nach oben
Erschienen in:
A Coarse-Grained Representation for Discretizable Distance Geometry with Interval Data Kapitel lesen Erstes Kapitel lesen

2019 | OriginalPaper | Buchkapitel

Function vs. Taxonomy: The Case of Fungi Mitochondria ATP Synthase Genes

verfasst von : Michael Sadovsky, Victory Fedotovskaya, Anna Kolesnikova, Tatiana Shpagina, Yulia Putintseva

Erschienen in: Bioinformatics and Biomedical Engineering

Verlag: Springer International Publishing

Einloggen

Aktivieren Sie unsere intelligente Suche, um passende Fachinhalte oder Patente zu finden.

search-config
loading …

Abstract

We studied the relations between triplet composition of the family of mitochondrial atp6, atp8 and atp9 genes, their function, and taxonomy of the bearers. The points in 64-dimensional metric space corresponding to genes have been clustered. It was found the points are separated into three clusters corresponding to those genes. 223 mitochondrial genomes have been enrolled into the database.

Sie haben noch keine Lizenz? Dann Informieren Sie sich jetzt über unsere Produkte:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 102.000 Bücher
  • über 537 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Jetzt informieren

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 390 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Maschinenbau + Werkstoffe




 

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Jetzt informieren

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 340 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Jetzt informieren
Vorheriges Kapitel Analysis of Gene Regulatory Networks Inferred from ChIP-seq Data
Nächstes Kapitel Non-Coding Regions of Chloroplast Genomes Exhibit a Structuredness of Five Types
Fußnoten
2
An advanced version of K-means yields the maximal number of distinguishable classes, see Sect. 3.
 
3
With respect to a minor deterioration by other genes.
 
Literatur
1.
Molla, M., Delcher, A., Sunyaev, S., Cantor, C., Kasif, S.: Triplet repeat length bias and variation in the human transcriptome. Proc. Nat. Acad. Sci. 106(40), 17095–17100 (2009)CrossRef
2.
Provata, A., Nicolis, C., Nicolis, G.: DNA viewed as an out-of-equilibrium structure. Phys. Rev. E 89, 052105 (2014)CrossRef
3.
Qin, L., et al.: Survey and analysis of simple sequence repeats (SSRs) present in the genomes of plant viroids. FEBS Open Bio 4(1), 185–189 (2014)CrossRef
4.
Moghaddasi, H., Khalifeh, K., Darooneh, A.H.: Distinguishing functional DNA words; a method for measuring clustering levels. Sci. Rep. 7, 41543 (2017)CrossRef
5.
Bank, C., Hietpas, R.T., Jensen, J.D., Bolon, D.N.: A systematic survey of an intragenic epistatic landscape. Mol. Biol. Evol. 32(1), 229–238 (2015)CrossRef
6.
Albrecht-Buehler, G.: Fractal genome sequences. Gene 498(1), 20–27 (2012)CrossRef
7.
8.
9.
Sadovsky, M., Putintseva, Y., Zajtseva, N.: System biology of mitochondrion genomes. In: Qian, P.Y., Nghiem, S.V. (eds.) The Third International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies, pp. 61–66, Venice/Mestre (2011)
10.
Basse, C.W.: Mitochondrial inheritance in fungi. Curr. Opin. Microbiol. 13(6), 712–719 (2010)CrossRef
11.
Gray, M.W., Burger, G., Lang, B.F.: Mitochondrial evolution. Science 283(5407), 1476–1481 (1999)CrossRef
12.
Bullerwell, C.E., Lang, B.F.: Fungal evolution: the case of the vanishing mitochondrion. Curr. Opin. Microbiol. 8(4), 362–369 (2005)CrossRef
13.
Esser, C., et al.: A genome phylogeny for mitochondria among \(\alpha \)-proteobacteria and a predominantly eubacterial ancestry of yeast nuclear genes. Mol. Biol. Evol. 21(9), 1643–1660 (2004)CrossRef
14.
Davoodian, N., et al.: A global view of \(Gyroporus\): molecular phylogenetics, diversity patterns, and new species. Mycologia 110, 985–995 (2018)CrossRef
15.
Nadimi, M., Daubois, L., Hijri, M.: Mitochondrial comparative genomics and phylogenetic signal assessment of mtDNA among arbuscular mycorrhizal fungi. Mol. Phylogenet. Evol. 98, 74–83 (2016)CrossRef
16.
Fukunaga, K.: Introduction to Statistical Pattern Recognition. Academic Press, London (1990)MATH
17.
Gorban, A.N., Zinovyev, A.Y.: Fast and user-friendly non-linear principal manifold learning by method of elastic maps. In: 2015 IEEE International Conference on Data Science and Advanced Analytics, DSAA 2015, Campus des Cordeliers, Paris, France, 19–21 October 2015, pp. 1–9 (2015)
18.
Gorban, A.N., Zinovyev, A.: Principal manifolds and graphs in practice: from molecular biology to dynamical systems. Int. J. Neural Syst. 20(03), 219–232 (2010). PMID: 20556849CrossRef
19.
Metadaten
Titel
Function vs. Taxonomy: The Case of Fungi Mitochondria ATP Synthase Genes
verfasst von
Michael Sadovsky
Victory Fedotovskaya
Anna Kolesnikova
Tatiana Shpagina
Yulia Putintseva
Copyright-Jahr
2019
Buch
Bioinformatics and Biomedical Engineering

Print ISBN: 978-3-030-17937-3

Electronic ISBN: 978-3-030-17938-0

Copyright-Jahr: 2019

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-030-17938-0_30

Premium Partner

    Bildnachweise