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Soft Computing
Erschienen in: Soft Computing 4/2013

01.04.2013 | Original Paper

Self-configuration single particle optimizer for DNA sequence compression

verfasst von: Zhen Ji, Jiarui Zhou, Zexuan Zhu, Siping Chen

Erschienen in: Soft Computing | Ausgabe 4/2013

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Abstract

This paper presents a novel self-configuration single particle optimizer (SCSPO) for DNA sequence compression. Particularly, SCSPO searches an optimal compression codebook of all unique repeat patterns and then DNA sequences are compressed by replacing the duplicate fragments with the indexes of the corresponding matched code vectors in the codebook. Featured with a crucial self-configuration process, SCSPO optimizes the codebook with no predefined parameter settings required. Experimental results on benchmark numerical functions and real-world DNA sequences demonstrate that SCSPO is capable of attaining better fitness value than many other PSO variants and the proposed DNA sequence compression algorithm based on SCSPO attains encouraging compression performance.
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Metadaten
Titel
Self-configuration single particle optimizer for DNA sequence compression
verfasst von
Zhen Ji
Jiarui Zhou
Zexuan Zhu
Siping Chen
Publikationsdatum
01.04.2013
Verlag
Springer-Verlag
Erschienen in
Soft Computing / Ausgabe 4/2013
Print ISSN: 1432-7643
Elektronische ISSN: 1433-7479
DOI
https://doi.org/10.1007/s00500-012-0939-9

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