Skip to main content
Fachgebiete
Automobil + Motoren Bauwesen + Immobilien Business IT + Informatik Elektrotechnik + Elektronik Energie + Nachhaltigkeit Finance + Banking Management + Führung Marketing + Vertrieb Maschinenbau + Werkstoffe Versicherung + Risiko
DE
EN
Themenseiten
Organisationspsychologie Projektmanagement Marketing Smart Manufacturing
Bücher
Zeitschriften
Weitere Formate
Podcasts Webinare Technik Webinare Wirtschaft Kongresse Veranstaltungskalender Awards
Jetzt Einzelzugang starten
Zugang für Unternehmen
Referenzkunden
MTZ-Fachkongress

Antriebe und Energiesysteme von morgen


Austausch von Automobil- und Energiewirtschaft

Am 14./15. Mai geht es in Chemnitz um die Mobilitätswende durch Elektro- und Wasserstofffahrzeuge.
Erweiterte Suche
Anmelden
nach oben
Erschienen in:
A Method of Reducing Output Waveform Distortion in Photovoltaic Converter System Kapitel lesen Erstes Kapitel lesen

2016 | OriginalPaper | Buchkapitel

Novel Algorithm for Multiple Quantitative Trait Loci Mapping by Using Bayesian Variable Selection Regression

verfasst von : Lin Yuan, Kyungsook Han, De-Shuang Huang

Erschienen in: Intelligent Computing Methodologies

Verlag: Springer International Publishing

Einloggen

Aktivieren Sie unsere intelligente Suche, um passende Fachinhalte oder Patente zu finden.

search-config
loading …

Abstract

Most quantitative trait loci (QTL) mapping experiments typically collect phenotypic data on single traits. However, Research complex correlated traits may provide more available information. We develop a novel algorithm for multiple traits quantitative trait loci mapping by using Bayesian Variable Selection Regression, or BVSR, that allows a new robust genetic models for different and correlated traits. We develop computationally efficient Markov chain Monte Carlo (MCMC) algorithms for performing joint analysis. Taken together, these factors put a premium on having interpretable measures of confidence for individual covariates being included in the model. We conduct extensive simulation studies to assess the performance of the proposed methods and to compare with the conventional single-trait model and existing multiple-trait model. More generally, we demonstrate that, despite the apparent computational challenges, our proposed new algorithm can provide useful inferences in quantitative trait loci mapping.

Sie haben noch keine Lizenz? Dann Informieren Sie sich jetzt über unsere Produkte:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 102.000 Bücher
  • über 537 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Jetzt informieren

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 390 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Maschinenbau + Werkstoffe




 

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Jetzt informieren

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 340 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Jetzt informieren
Vorheriges Kapitel Identification of HOT Regions in the Human Genome Using Differential Chromatin Modifications
Literatur
1.
Li, Y., Zhang, M., Zhao, M.: eQTL, Quantitative Trait Loci (QTL). Springer 265–279 (2012)
2.
Mah, J.T., Chia, K.S.: A gentle introduction to SNP analysis: resources and tools. J. Bioinf. Comput. Biol. 5(5), 1123–1138 (2007)CrossRef
3.
Cookson, W., Liang, L., Abecasis, G., Moffatt, M., Lathrop, M.: Mapping complex disease traits with global gene expression. Nat. Rev. Genet. 10(3), 184–194 (2009)CrossRef
4.
Smith, L., Kruglyak, M.: Gene-environment interaction in yeast gene expression. PLoSBiol 6(4), e83 (2008)CrossRef
5.
Brem, B., Kruglyak, L.: The landscape of genetic complexity across 5,700 gene expression traits in yeast. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102(5), 1572–1577 (2005)CrossRef
6.
Gao, C., Tignor, N.L., Strulovici-Barel, Y., Hackett, N.R., Crystal, R.G.: HEFT: eQTL analysis of many thousands of expressed genes while simultaneously controlling for hidden factors. Bioinformatics 30(3), 369–376 (2014)CrossRef
7.
Higo, K., Ugawa, M., Iwamoto, Y., Korenaga, T.: Plant CIS-acting regulatory DNA elements (PLACE) database. Nucleic Acids Res. 27(1), 297–300 (1999)CrossRef
8.
Mahr, S., Burmester, G.R., Hilke, D., Göbel, U., Grützkau, A., Häupl, T., Hauschild, M., Koczan, D., Krenn, V., Neidel, J.: CIS-and trans-acting gene regulation is associated with osteoarthritis. Am. J. Hum. Genet. 78(5), 793–803 (2006)CrossRef
9.
Cheng, W., Shi, Y., Zhang, X., Wang, W.: Fast and robust group-wise eQTL mapping using sparse graphical models. BMC Bioinformatics 16, 2 (2015)CrossRef
10.
Huang, D.S., Yu, H.J.: Normalized feature vectors: a novel alignment-free sequence comparison method based on the numbers of adjacent amino acids. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 10(2), 457–467 (2013)CrossRef
11.
Zheng, C.H., Zhang, L., Ng, V.T.-Y., Shiu, C.K., Huang, D.S.: Molecular pattern discovery based on penalized matrix decomposition. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 8(6), 1592–1603 (2011)CrossRef
12.
Zheng, C.H., Huang, D.S., Zhang, L., Kong, K.Z.: Tumor clustering using non-negative matrix factorization with gene selection. IEEE Trans. Inf Technol. Biomed. 13(4), 599–607 (2009)CrossRef
13.
Deng, S.P., Zhu, L., Huang, D.S.: Predicting hub genes associated with cervical cancer through gene co-expression networks. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 13(1), 27–35 (2016)CrossRef
14.
Zhu, L., Guo, W.L., Deng, S.P., Huang, D.S.: ChIP-PIT: Enhancing the analysis of ChIP-Seq data using convex-relaxed pair-wise interaction tensor decomposition. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 13(1), 55–63 (2016)CrossRef
15.
Zhu, L., Deng, S.P., Huang, D.S.: Two-stage geometric method for pruning unreliable links in protein-protein networks. IEEE Trans. Nano Biosci. 14(5), 528–534 (2015)CrossRef
16.
Deng, S.P., Zhu, L., Huang, D.S.: Mining the bladder cancer-associated genes by an integrated strategy for the construction and analysis of differential co-expression networks. BMC Genom. 16 (2015)
17.
Deng, S.P., Huang, D.S.: SFAPS: an R package for structure/function analysis of protein sequences based on informational spectrum method. Methods 69(3), 207–212 (2014)CrossRef
18.
Huang, D.S., Zhang, L., Han, K., Deng, S.P., Yang, K., Zhang, H.B.: Prediction of protein-protein interactions based on protein-protein correlation using least squares regression. Curr. Protein Pept. Sci. 15(6), 553–560 (2014)CrossRef
19.
Zhu, L., You, Z.H., Huang, D.S., Wang, B.: t-LSE: a novel robust geometric approach for modeling protein-protein interaction networks. PLoS ONE 8(4), e58368 (2013)CrossRef
Metadaten
Titel
Novel Algorithm for Multiple Quantitative Trait Loci Mapping by Using Bayesian Variable Selection Regression
verfasst von
Lin Yuan
Kyungsook Han
De-Shuang Huang
Copyright-Jahr
2016
Buch
Intelligent Computing Methodologies

Print ISBN: 978-3-319-42296-1

Electronic ISBN: 978-3-319-42297-8

Copyright-Jahr: 2016

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-42297-8_80

Premium Partner

    Bildnachweise