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Erschienen in:
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2016 | OriginalPaper | Buchkapitel

Relationship Between the Reprogramming Determinants of Boolean Networks and Their Interaction Graph

verfasst von : Hugues Mandon, Stefan Haar, Loïc Paulevé

Erschienen in: Hybrid Systems Biology

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

In this paper, we address the formal characterization of targets triggering cellular trans-differentiation in the scope of Boolean networks with asynchronous dynamics. Given two fixed points of a Boolean network, we are interested in all the combinations of mutations which allow to switch from one fixed point to the other, either possibly, or inevitably. In the case of existential reachability, we prove that the set of nodes to (permanently) flip are only and necessarily in certain connected components of the interaction graph. In the case of inevitable reachability, we provide an algorithm to identify a subset of possible solutions.

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Fußnoten
1
with the path \(10000 \rightarrow 10100 \rightarrow 10110 \rightarrow 11110 \rightarrow 11111\) (and the fixed point is the next step, \(\rightarrow 11011\) but there is no need to go further than 11111.).
 
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Metadaten
Titel
Relationship Between the Reprogramming Determinants of Boolean Networks and Their Interaction Graph
verfasst von
Hugues Mandon
Stefan Haar
Loïc Paulevé
Copyright-Jahr
2016
Buch
Hybrid Systems Biology

Print ISBN: 978-3-319-47150-1

Electronic ISBN: 978-3-319-47151-8

Copyright-Jahr: 2016

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-47151-8_8

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