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Erschienen in:
2003 | OriginalPaper | Buchkapitel
Stochastic Local Search Algorithms for DNA Word Design
verfasst von : Dan C. Tulpan, Holger H. Hoos, Anne E. Condon
Erschienen in: DNA Computing
Verlag: Springer Berlin Heidelberg
Enthalten in: Professional Book Archive
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We present results on the performance of a stochastic local search algorithm for the design of DNA codes, namely sets of equallength words over the nucleotides alphabet A,C,G, T that satisfy certain combinatorial constraints. Using empirical analysis of the algorithm, we gain insight on goodd esign principles. We report several cases in which our algorithm finds word sets that match or exceed the best previously known constructions.1