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Erschienen in:
2007 | OriginalPaper | Buchkapitel
A Filtering Algorithm for k-Mismatch with Don’t Cares
verfasst von : Raphaël Clifford, Ely Porat
Erschienen in: String Processing and Information Retrieval
Verlag: Springer Berlin Heidelberg
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We present a filtering based algorithm for the
k
-mismatch pattern matching problem with don’t cares. Given a text
t
of length
n
and a pattern
p
of length
m
with don’t care symbols in either
p
or
t
and a bound
k
, our algorithm finds all the places that the pattern matches the text with at most
k
mismatches. The algorithm is deterministic and runs in
O
(
nm
1/3
k
1/3
log
2/3
m
) time. The location of the mismatches at each alignment is also given at no extra cost.