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Erschienen in:
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2023 | OriginalPaper | Buchkapitel

An Algorithm for Pairwise DNA Sequences Alignment

verfasst von : Veska Gancheva, Hristo Stoev

Erschienen in: Bioinformatics and Biomedical Engineering

Verlag: Springer Nature Switzerland

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Abstract

A challenge in data analysis in bioinformatics is to offer integrated and modern access to the progressively increasing volume of data, as well as efficient algorithms for their processing. Considering the vast databases of biological data available, it is extremely important to develop efficient methods for processing biological data. A new algorithm for arranging DNA sequences based on the suggested CAT method is proposed, consisting of an algorithm for calculating a CAT profile against the selected reference sequences and an algorithm for comparing two sequences, based on the calculated CAT profiles. Implementation steps, inputs and outputs are defined. A software implementation of the proposed method for arranging biological sequences CAT has been designed and developed. Experiments have been carried out using different data sets to align DNA sequences based on CAT method. An analysis of the experimental results have been done in terms of collisions, speed and effectiveness of the proposed solutions.

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Literatur
1.
Needleman, S., Wunsch, C.: A General method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J. Mol. Biol. 48, 443–453 (1970)CrossRefPubMed
2.
Smith, T., Waterman, M.: Identification of common molecular subsequences. J. Molecul. Biol. 147, 195–197 (1981)CrossRef
3.
Altschul, S., et al.: Basic local alignment search tool. J. Molecul. Biol. 215(3) 1990
4.
5.
Hoksza, D., Svozil, D.: Multiple 3D RNA structure superposition using neighbor joining. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 12(3), 520–530 (2015)CrossRef
6.
Ebedes, J., Datta, A.: Multiple sequence alignment in parallel on a workstation cluster. Bioinformatics 20(7), 1193–1195 (2004)CrossRefPubMed
7.
Mikhailov, D., et al.: Performance optimization of ClustalW: parallel ClustalW, HT Clustal, and MULTICLUSTAL, White paper, 2001, Silicon Graphics, Mountain View, CA
8.
Thompson, J., Higgins, D., Gibson, T.: ClustalW: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22(22), 4673–4680 (1994)CrossRefPubMedPubMedCentral
9.
Cheetham, J., et al.: Parallel ClustalW for PC clusters. In: Proceedings of International Conference on Computational Science and its Applications, Montreal, Canada (2003)
10.
Zhang, F., Qiao, X.Z., Liu, Z.Y.: A parallel Smith-Waterman algorithm based on divide and conquer. In: Proceedings of the Fifth International Conference on Algorithms and Architectures for Parallel Processing ICA3PP 2002 (2002)
11.
Farrar, M.: Striped Smith-Waterman speeds database searches six times over other SIMD implementations. Bioinformatics 23(2), 156–161 (2007)
12.
Sharma, C., Agrawal, P., Gupta, P.: Multiple sequence alignments with parallel computing. In: Proceedings of IJCA International Conference Advantages in Computer Engineering Application ICACEA, no. 5, pp. 16–21, Mar. 2014
13.
Sathe, S.R., Shrimankar, D.D.: Parallelizing and analyzing the behavior of sequence alignment algorithm on a cluster of workstations for large datasets. Int. J. Comput. Appl. 74(21), 1–13 (2013)
14.
Borovska, P., Gancheva, V., Landzhev, N.: Massively parallel algorithm for multiple biological sequences alignment. In: Proceeding of 36th IEEE International Conference on Telecommunications and Signal Processing (TSP), pp. 638–642 (2013). 10.1109/ TSP.2013.6614014
15.
Metadaten
Titel
An Algorithm for Pairwise DNA Sequences Alignment
verfasst von
Veska Gancheva
Hristo Stoev
Copyright-Jahr
2023
Buch
Bioinformatics and Biomedical Engineering

Print ISBN: 978-3-031-34952-2

Electronic ISBN: 978-3-031-34953-9

Copyright-Jahr: 2023

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-031-34953-9_4

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