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Erschienen in:

2022 | OriginalPaper | Buchkapitel

An Extension of ERODE to Reduce Boolean Networks By Backward Boolean Equivalence

verfasst von : Georgios Argyris, Alberto Lluch Lafuente, Mirco Tribastone, Max Tschaikowski, Andrea Vandin

Erschienen in: Computational Methods in Systems Biology

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

Boolean Networks (BN) are established tools for modelling biological systems. However, their analysis is hindered by the state space explosion: the exponentially many states on the variables of a BN. We present an extension of the tool for model reduction ERODE with support for BNs and their reduction with a recent method called Backward Boolean Equivalence (BBE). BBE identifies maximal sets of variables that retain the same value whenever initialized equally. ERODE has been also extended to support importing and exporting between different formats and model repositories, enhancing interoperability with other tools.

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The artifact can be downloaded from www.erode.eu/examples.html with further guidelines to replicate the experiments in this document.

Argyris, G., Lluch Lafuente, A., Tribastone, M., Tschaikowski, M., Vandin, A.: Reducing Boolean networks with backward Boolean equivalence. In: Cinquemani, E., Paulevé, L. (eds.) CMSB 2021. LNCS, vol. 12881, pp. 1–18. Springer, Cham (2021). https://doi.org/10.1007/978-3-030-85633-5_1CrossRef

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Cardelli, L., Tribastone, M., Tschaikowski, M., Vandin, A.: ERODE: a tool for the evaluation and reduction of ordinary differential equations. In: Legay, A., Margaria, T. (eds.) TACAS 2017. LNCS, vol. 10206, pp. 310–328. Springer, Heidelberg (2017). https://doi.org/10.1007/978-3-662-54580-5_19CrossRef

Chaouiya, C., et al.: SBML qualitative models: a model representation format and infrastructure to foster interactions between qualitative modelling formalisms and tools. BMC Syst. Biol. 7(1), 1–15 (2013)CrossRef

Chaouiya, C., Naldi, A., Thieffry, D.: Logical modelling of gene regulatory networks with GINsim. In: van Helden, J., Toussaint, A., Thieffry, D. (eds.) Bacterial Molecular Networks. Methods in Molecular Biology, vol. 804, pp. 463–479. Springer, New York (2012). https://doi.org/10.1007/978-1-61779-361-5_23

Coolen, M., Thieffry, D., Drivenes, Ø., Becker, T.S., Bally-Cuif, L.: miR-9 controls the timing of neurogenesis through the direct inhibition of antagonistic factors. Dev. Cell 22(5), 1052–1064 (2012)CrossRef

de Moura, L., Bjørner, N.: Z3: an efficient SMT solver. In: Ramakrishnan, C.R., Rehof, J. (eds.) TACAS 2008. LNCS, vol. 4963, pp. 337–340. Springer, Heidelberg (2008). https://doi.org/10.1007/978-3-540-78800-3_24CrossRef

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Titel: An Extension of ERODE to Reduce Boolean Networks By Backward Boolean Equivalence
verfasst von: Georgios Argyris
Alberto Lluch Lafuente
Mirco Tribastone
Max Tschaikowski
Andrea Vandin
Verlag: Springer International Publishing
Buch: Computational Methods in Systems Biology
Print ISBN: 978-3-031-15033-3

Electronic ISBN: 978-3-031-15034-0

Copyright-Jahr: 2022
DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_16

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Abstract

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