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Datenbank-Spektrum
Erschienen in: Datenbank-Spektrum 3/2015

01.11.2015 | SCHWERPUNKTBEITRAG

Genome sequence analysis with MonetDB

A case study on Ebola virus diversity

verfasst von: Robin Cijvat, Stefan Manegold, Martin Kersten, Gunnar W. Klau, Alexander Schönhuth, Tobias Marschall, Ying Zhang

Erschienen in: Datenbank-Spektrum | Ausgabe 3/2015

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Abstract

Next-generation sequencing (NGS) technology has led the life sciences into the big data era. Today, sequencing genomes takes little time and cost, but yields terabytes of data to be stored and analyzed. Biologists are often exposed to excessively time consuming and error-prone data management and analysis hurdles. In this paper, we propose a database management system (DBMS) based approach to accelerate and substantially simplify genome sequence analysis. We have extended MonetDB, an open-source column-based DBMS, with a BAM module, which enables easy, flexible, and rapid management and analysis of sequence alignment data stored as Sequence Alignment/Map (SAM/BAM) files. We describe the main features of MonetDB/BAM using a case study on Ebola virus
genomes.
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Fußnoten
3
For this use case, we do not benefit from the read oriented storage that MonetDB/BAM uses. However, [2] shows many use cases for which it does.
 
Literatur
1.
Beerenwinkel N et al (2012) Challenges and opportunities in estimating viral genetic diversity from next-generation sequencing data. Front Microbiol 3:329
2.
Cijvat R (2014) Bridging the gap between big genome data analysis and database management systems. Master’s thesis, CWI and Utrecht University
3.
Dean J, Ghemawat S (2004) MapReduce: simplified data processing on large clusters. Paper presented at the 6th Symposium on Operating System Design and Implementation, San Francisco, December 2004
4.
Dorok S et al (2014) Toward Efficient Variant Calling Inside Main-Memory Database Systems. BIOKDD-DEXA Workshops, pp. 41–45
5.
Gire SK et al (2014) Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science 345(6202):1369–1372
6.
Kargin Y, Kersten ML, Manegold S, Pirk H (2015) The DBMS—your big data sommelier. Proceedings of IEEE International Conference on Data Engineering 2015 (ICDE 31)
7.
Li H, Durbin R (2009) Fast and accurate short read alignment with burrows-wheeler transform. Bioinformatics 25:1754–1760
8.
Li H et al (2009) The Sequence Alignment/{M}ap format and SAMtools. Bioinformatics 25:2078–2079
9.
Manegold S et al (2009) Database architecture evolution: mammals flourished long before dinosaurs became extinct. PVLDB 2(2):1648–1653
10.
Pavlo A et al (2009) A Comparison of Approaches to Large-Scale Data Analysis. SIGMOD, pp. 165–178
11.
Quinlan A Hall I (2010) BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. Bioinformatics 26(6):841–842
12.
Röhm U, Blakeley JA (2009) Data management for high-throughput genomics. CIDR, pp. 97–111
13.
Schapranow MP, Plattner H (2013) HIG - An in-memory database platform enabling real-time analyses of genome data. BigData, pp. 691–696
14.
Schatz MC, Langmead B (2013) The DNA data deluge. IEEE Spectrum 50(7):28–33
15.
Toepfer A et al (2014) Viral quasispecies assembly via maximal clique enumeration. PLoS Comput Biol 10(3):e1003515
16.
Volchkov VE et al (1999) Characterization of the L gene and 5` trailer region of Ebola virus. J Gen Virol 80(Pt2):355–362
17.
Wolstencroft K et al (2013) The Taverna workflow suite: designing and executing workflows of Web Services on the desktop, web or in the cloud. Nucleic Acids Res 41(Web Server issue):W557–W561
Metadaten
Titel
Genome sequence analysis with MonetDB
A case study on Ebola virus diversity
verfasst von
Robin Cijvat
Stefan Manegold
Martin Kersten
Gunnar W. Klau
Alexander Schönhuth
Tobias Marschall
Ying Zhang
Publikationsdatum
01.11.2015
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
Erschienen in
Datenbank-Spektrum / Ausgabe 3/2015
Print ISSN: 1618-2162
Elektronische ISSN: 1610-1995
DOI
https://doi.org/10.1007/s13222-015-0198-x

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