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Erschienen in:

2022 | OriginalPaper | Buchkapitel

Qualitative Dynamics of Chemical Reaction Networks: An Investigation Using Partial Tropical Equilibrations

verfasst von : Aurélien Desoeuvres, Peter Szmolyan, Ovidiu Radulescu

Erschienen in: Computational Methods in Systems Biology

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

We discuss a method to describe the qualitative dynamics of chemical reaction networks in terms of symbolic dynamics. The method, that can be applied to mass-action reaction networks with separated timescales, uses solutions of the partial tropical equilibration problem as proxies for symbolic states. The partial tropical equilibration solutions are found algorithmically. These solutions also provide the scaling needed for slow-fast decomposition and model reduction. Any trace of the model can thus be represented as a sequence of local approximations of the full model. We illustrate the method using as case study a biochemical model of the cell cycle.

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Titel: Qualitative Dynamics of Chemical Reaction Networks: An Investigation Using Partial Tropical Equilibrations
verfasst von: Aurélien Desoeuvres
Peter Szmolyan
Ovidiu Radulescu
Verlag: Springer International Publishing
Buch: Computational Methods in Systems Biology
Print ISBN: 978-3-031-15033-3

Electronic ISBN: 978-3-031-15034-0

Copyright-Jahr: 2022
DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_4

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