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2017 | OriginalPaper | Buchkapitel

4.  Stoffwechsel modellieren und neue Antibiotika finden

verfasst von : Thomas Dandekar, Meik Kunz

Erschienen in: Bioinformatik

Verlag: Springer Berlin Heidelberg

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Zusammenfassung

Metabolische Modellierung erlaubt es, den Stoffwechsel im Detail zu analysieren. Biochemisches Wissen und Datenbanken wie KEGG bestimmen den Satz aller beteiligter Enzyme. Sodann kann man berechnen, welche Stoffwechselwege und Enzymketten die Metabolite in einem Netzwerk im Gleichgewicht halten (Flux-Balance-Analyse), welche davon auch nicht mehr zerlegbar sind (Elementarmodenanalyse) und welche davon ausreichen, um alle realen Stoffwechselsituationen durch die Kombination von wenigen reinen Flux-Moden darzustellen (extreme pathway analysis). Um die Flussstärke zu berechnen, braucht man weitere Daten, z. B. Genexpressionsdaten und Software (z. B. YANA-Programme). Weiterführende Analysen betrachten die metabolische Kontrolle (metabolische Kontrolltheorie) und beschreiben die Geschwindigkeiten (Kinetik) der beteiligten Enzyme genauer. Dies erlaubt, den Stoffwechsel besser zu beschreiben und zu verstehen, essentielle Gene und resultierende Antibiotika ebenso vorherzusagen wie Stoffwechselantworten, etwa beim Tumorwachstum.

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Literatur
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Metadaten
Titel
StoffwechselModellierung metabolische modellieren und neue Antibiotika finden
verfasst von
Thomas Dandekar
Meik Kunz
Copyright-Jahr
2017
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
Buch
Bioinformatik

Print ISBN: 978-3-662-54697-0

Electronic ISBN: 978-3-662-54698-7

Copyright-Jahr: 2017

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-662-54698-7_4

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